Quá trình nitrate hóa amoni trong bể sẽ làm giảm độ kiềm cũng như giảm pH trong nước. Vì vậy, nếu như hàm lượng amoni trong nước thải đầu vào thấp hơn tiêu chuẩn cho phép thì không cần phải oxy hóa amoni nữa (và lúc này, người ta sẽ không mong muốn quá trình nitrate hóa xảy ra vì sẽ làm giảm độ kiềm và buộc phải tốn tiền mua kiềm châm vào để giữ pH ở mức 6.8 – 7.2).
 
Để xác định là trong bể SBR có xảy ra quá trình nitrat hóa hay không, có thể lấy mẫu ngay sau pha phản ứng, lọc mẫu qua giấy lọc Whatman ® No. 4 sau đó đo nồng độ nitrit hoặc nitrat. Nếu nồng độ nitrit hoặc nitrat ≥1mg/l thì trong bể SBR đang xảy ra quá trình nitrit/nitrat hóa.
 
Nếu muốn giảm hoặc không muốn quá trình nitrat hóa xảy ra, có thể giảm D.O ở pha sục khí hoặc giảm MLSS.
Đương nhiên, nếu pH bị giảm thì giải pháp thông thường nhất vẫn là châm kiềm vào để nâng pH lên.
Ngoài ra, do pH trong bể SBR rất dễ biến động, nên cần phải có hệ thống quan trắc tự động và hệ thống điều chỉnh pH cho phù hợp.