Theo quy định về phân bón của Đức, chỉ có bùn cống được đảm bảo vệ sinh an toàn đối với sức khỏe con người và thực vật mới được phép đưa vào sử dụng trong nông nghiệp. Các quy định tương tự cũng có thể được tìm thấy ở nhiều nước hiện nay.
Các tác nhân gây bệnh có thể bị vô hiệu hóa thông qua khử trùng (còn gọi là vệ sinh).
Trong các quy trình nhiệt, bùn được gia nhiejt đến nhiệt độ tối thiểu trong một khoảng thời gian tối thiểu. Bùn thải dạng lỏng được tiệt trùng trước (30 phút ở 70 độ C) trước khi được đem đi xử lý. Nhiệt sẽ được thu hồi bằng cách sử dụng bùn/bùn trao đổi nhiệt. Để ngăn ngừa sự tác nghẽn của bộ trao đổi nhiệt, bùn thải phải được sàng lọc.
Thiết bị HUBER Belt Dryer BT ở nhiệt độ trung bình cho thấy rằng bùn thải không chỉ được làm khô mà còn được khử trùng nếu bùn nóng hơn 70 độ C trong thời gian dài hớn 30 phút.
Trong máy Solar Dryers SRT việc khử trùng an toàn rất khó khăn do nhiệt độ chỉ ở mức vừa phải. Tuy nhiên bùn khô khử trùng nếu được bảo quản trong nahf kính sẽ để được trong vòng 1 năm.
